Od razglasitve samostojne Republike Slovenije so funkcijo ministra za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano opravljali:

Izvršni svet Skupščine Republike Slovenije, 1990–1992
dr. Jožef Jakob Osterc
predsednik Republiškega komiteja za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 16. 5. 1990

mag. Jože Protner
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 14. 5. 1992

dr. Jožef Jakob Osterc
minister za kmetijstvo in gozdarstvo - imen. 25. 1. 1993

Ciril Smrkolj
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 27. 2. 1997

Ciril Smrkolj
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 7. 6. 2000 - 30. 11. 2000

mag. Franc But
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 30. 11. 2000 - 19. 12. 2002 

mag. Franc But
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 19. 12. 2002 - 20. 4. 2004

dr. Milan Pogačnik
minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 20. 4. 2004 - 3. 12. 2004

Marija Lukačič
ministrica za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano - imen. 3. 12. 2004 - 6. 3. 2007